在他们背后，是一片血红色的大海，两台量产机EVA张开双臂如同十字架矗立在那里。
而碇真嗣真的双手都在用力，身体甚至都有些因为发力而颤抖着死死掐住明日香的脖子。
明日香完好的那颗眼睛此时睁开来，似乎是被碇真嗣的行为给弄醒了。
她看着眼前掐住她脖子的碇真嗣，却是眼神平静。
然后她的右手却缓缓动了起来，她缓缓抬起手，却是轻柔地抚摸了一下碇真嗣的脸庞。
似乎是……理解了碇真嗣一样。
然后碇真嗣似乎释怀了，或者是他证明了自己真的回到现实，明日香也回到了现实一样。
他放开了手，在明日香身上放声大哭起来。
这个时候，明日香的眼神终于有了变化，她看向了身前的碇真嗣，却是说出了这么一句话——
“你真恶心……”
然后……全剧终。
接着却是那个让人无比熟悉的BGM《残酷天使行动纲领》再度响起——以及大结局的特殊结尾。
林青山根据前世《EVA》漫画版剧情大结局制作的后续，以《残酷天使行动纲领》的MV的方式播放了出来。
后面并不是地球彻底只剩碇真嗣和明日香，他们并不是神话当中的亚当和夏娃，需要只靠他们再度繁衍出一个文明出来。
只是碇真嗣和明日香是最早靠自己的力量拒绝补完，最早恢复人形的人类而已。
而后面在补完状态的人类，随着时间的推移，会慢慢靠自己的力量回来的。
渐渐的，原来大部分想回来的人类，都拒绝了补完，靠着自己的力量回到了现实。
城市和文明也被重新在深埋的地底中找到，以此再度建起新的城市和文明。
不知道过去了多久，在被冰雪覆盖的城市中。
碇真嗣和以前的朋友——铃原、剑介和其他同学在MV里打招呼，然后踏上了地铁，地铁中人潮拥挤。
他却是再度遇到了明日香。
二人互相对视一眼，相视而笑，对过去的回忆他们仍有记忆，此刻也都释怀了。
在《残酷天使行动纲领》最后的歌声中——
“少年啊去变成神话吧——”
碇真嗣到站之后，走出地铁露出了笑容，从他看向城市的笑容来看，他不再迷茫，而是对未来充满了信心。
自此……《新世纪福音战士》到此完美收尾！
观
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